位于曼哈顿市区东南方 19 千米的约翰·F·肯尼迪国际机场(JFK)是美国第六繁忙的机场和按国际客流算北美最繁忙的机场。它是服务于纽约市区的三个主要机场其中之一。有超过 90 家航空公司在这里运营着覆盖全北美以及南美洲、欧洲、非洲、亚洲和澳大利亚的直达航线。美国航空、达美航空和捷蓝航空已经将 JFK 作为其航运中心。该机场拥有 4 条飞机跑道和 6 个共计 128 个登机口的航站楼。机场的地面交通选择包括与许多其他公共交通相连的捷运列车(AirTrain)、公交车、出租车、礼宾车、共乘式穿梭车(shuttles)和汽车租赁服务。此外,还有到曼哈顿市区的直升飞机服务。