郑成功祖庙为郑氏家庙，郑经所建之专祠，奉祀其父郑成功与其母董氏。
台湾纳入清版图后，改称郑氏大宗祠
日治时期后，郑氏家族组成了台南郑氏宗亲会并发起募款，完成该庙的整修,
1961年因延平郡王祠重塑郑成功神像，原本的樟木神像则移祀至此。
1983年因庙前道路再次拓宽，该庙前面便改建为墙门，郑氏家庙则改称为郑氏宗祠。
2002年4月29日则正式改名为「郑成功祖庙」。