天后宫位于马祖村，是岛上妈祖的信仰中心，信仰者众，香火鼎盛。 南竿马祖村居民口耳相传，当妈祖之父遭逢船难，她便投海救父，却不幸遭恶浪吞噬，尸身漂至村内澳口，后经居民发现后拾起安葬，民众为感其孝心，以雕刻凤纹的石棺厚葬。明朝时，妈祖受封为天妃，清康熙时晋封为天后，也就是天上圣母的别称，因此供奉妈袓的庙，便命名为天后宫。

相传妈祖当年海上遇难后，大体飘流到马祖，所以马祖以妈祖之名命名。之后这里供奉妈祖的衣冠冢及灵穴，这几年马祖人诉求「妈祖在马祖」与湄洲争正信的地位。在妈祖庙的上方，后来设有妈祖巨神像遥望故乡湄洲。马港天后宫是马祖人的宗教信仰中心，相传有许多的神迹。

根据导游的解说，相传妈祖林默娘当年落海后，遗体漂流至南竿，当地村民将妈祖遗体葬于此地，后来消息传到妈祖故乡湄洲，当地人迎回妈祖遗体，现在的马港天后宫尚保有衣冠冢及妈祖灵穴。离天后宫几步路就到了马祖公车总站与观光夜市，旁边还有个沙滩，是来到马祖必游的地方